Ett stop-motion-animerat episkt äventyr av Travis Knight, huvudanimatör på Coraline, Boxtrolls och Paranorman. 

Den intelligenta och godhjärtade Kubo lever ett enkelt liv i ett litet kustsamhälle, där han berättar sagor och historier för de andra invånarna. Men så en dag skakas hans lugna tillvaro när han råkar kalla till sig en ande från det förflutna, som stormar ner från himlarna för att utföra en uråldrig hämnd.

Kubo tvingas på flykt och slår sig samman med Monkey och Beetle. Tillsammans ger de sig ut på en spännande resa för att för att rädda Kubos familj och lösa mysteriet kring hans faders död, den störste samurajen genom tiderna. Med hjälp av det magiska instrumentet Shamisen, måste nu Kubo bekämpa både gudar och monster, däribland den hämndlystne Moon King och de onda tvillingsystrarna, för att förstå hemligheten kring hans arv, återförena sin familj och fullfölja sitt hjältemodiga öde.